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SNP (單核苷酸多態性)

SNP (單核苷酸多態性)

更新時間:2025-05-06

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簡要描述:
SNP (單核苷酸多態性)全稱Single Nucleotide Polymorphism,即單核苷酸多態,是指在基因組上單個核苷酸的變異,包括轉換、顛換、缺失和插入,形成的遺傳標記。Hi-SNP 結合多重 PCR 技術和高通量測序技術,對需要檢測的位點設計特異性引物,在單管內進行多重PCR 擴增,不同的樣本以不同的 Barcode 引物區分。
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第1部分:背景介紹

SNP (單核苷酸多態性)全稱Single Nucleotide Polymorphism,即單核苷酸多態,是指在基因組上單個核苷酸的變異,包括轉換、顛換、缺失和插入,形成的遺傳標記,但實際上發生的只有兩種,即轉換和顛換,二者之比為2:1,轉換的幾率之所以高,可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中最易發生突變的位點,其中大多數是甲基化的,可自發地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。其數量很多,多態性豐富。一般而言,SNP是指變異頻率大于1%的單核苷酸變異。變異頻率小于1%的變異為突變(mutation)。在人類基因組中大概每1000個堿基就有一個SNP ,人類基因組上的SNP 總量大概是3 ×10E6 個。因此,SNP成為第三代遺傳標志,人體許多表型差異、對藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關。

SNP (單核苷酸多態性)在理想狀態下,各等位基因的頻率和等位基因的基因型頻率在遺傳中是穩定不變的,即保持著基因平衡。符合哈溫平衡是檢驗SNP分型是否準確的標準。

SNP是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據,因此被廣泛用于群體遺傳學研究和疾病相關基因的研究。

第二部分:SNP的類型及應用

SNP類型:

內含子SNP(Intronic SNP)--不導致氨基酸的改變

調控區SNP(Regulatory region SNP)--影響蛋白表達量的調控

編碼區SNP(Coding region SNP)--包括同義和非同義的,非同義的改變蛋白編碼的序列

應用:

1、遺傳圖譜繪制的標記;

2、疾病診斷和疾病易感基因的鑒別;

3、藥物基因組學研究和新藥篩選;

4、藥物代謝和藥物遺傳學;

5、法醫鑒定和個體識別;

6、群體遺傳學研究和遺傳多態性分析;

7、物種鑒定、菌種鑒定等。

第三部分:技術路線

1.技術路線及其特點

Hi-SNP 分型服務:

Hi-SNP 結合多重 PCR 技術和高通量測序技術,對需要檢測的位點設計特異性引物,在單管內進行多重PCR 擴增,不同的樣本以不同的 Barcode 引物區分。混合樣本后,在 Ion Proton/illumina Hiseq/illumina X10平臺上,對擴增子進行高通量測序。測序結果使用生物信息學方法,區分不同的樣本,最終獲得每個位點的SNP 信息。高通量測序能一次對幾百萬條 DNA 分子進行序列測定,相比其他的 SNP 檢測技術,基于高通量測序的 SNP 分型具有更準確、更靈敏的特點。

2、分型流程及質控

流程:

a. 位點評估:物種,版本,位置信息→同源性評估

b. 引物設計及合成:根據擴增子設計引物

c. 樣本抽提及質控:測濃度:20ng/uL,OD260/OD280:1.8-2.0;電泳:主帶清晰無拖尾

d. 小試:多重PCR引物優化;PCR體系優化

e. 大規模生產建庫:查漏補缺實驗數據:出率95%以上

f. 測序

g. 數據分析,出具報告

SNP分型質控方案:

a. 信號單一

b. 陰性對照:實驗室“分區”,避免交叉污染;大規模實驗的“節奏控制”

c. 重復對照:大規模實驗時內部設置重復對照,由實驗人員自身復核;做實驗方案時的數據與大規模實驗數據進行重復對照,由質控人員復核

d. HWE評估

 

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