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大小鼠病原體檢測時核酸提取過程中的問題和解決方案
發布時間: 2025-12-12 點擊次數: 87次一、PCR檢測的應用
PCR(聚合酶鏈式反應)技術作為分子生物學領域的核心檢測手段,廣泛應用于微生物病原體檢測、基因篩查和診斷、司法鑒定、遺傳疾病的檢測、藥物代謝評估等多個領域。其原理是DNA片段擴增,根據特異性的引物擴增目的片段,通過片段大小或者結合探針實現目標核酸的檢測,而這一過程的前提是獲得高質量、高純度的核酸模板。核酸提取作為PCR檢測的前處理重要環節,其提取效果直接決定了PCR反應的成敗、檢測結果的準確性與可靠性。
二、核酸提取回收率對PCR反應特異性的影響
核酸提取過程中若殘留雜質,會顯著干擾PCR反應的特異性,甚至抑制擴增反應的進行。同樣核酸提取效率對低豐度樣本檢測的影響。對于低豐度目標核酸樣本(如早期感染階段的病原體樣本、微量組織樣本、降解嚴重的DNA樣本等),核酸提取效率直接影響了能否從樣本中捕獲到足夠的目標核酸。若提取方法的回收率低,即使樣本中存在目標核酸,也可能因提取過程中的損失導致獲得的模板量低于PCR檢測的低檢出限,導致出現假陰性結果。
三、PCR檢測在實驗大小鼠微生物病毒病原菌檢測領域的應用
常規樣本的病毒檢測方法,多采取血清學方法,血清學檢測方法包括:酶聯免疫吸附試驗ELISA,免疫酶試驗IEA,免疫熒光試驗IFA等抗體檢測方案。
病原菌的檢測方案則多是培養法,有些需要進行生化反應進行鑒定。
國標GB14922-2022中規定了大小鼠的病毒、病原菌(細菌真菌)的檢測項目,分為必須檢測項目和必要時檢測項目。
除此之外,隨著分子生物學檢測方法的進步,熒光定量PCR成為用于檢測病毒感染的常用的方法。熒光定量PCR檢測是通過檢測熒光信號的強弱來判斷是否存在病毒或病毒含量的高低。不同的熒光標記物也使得多重檢測成為可能,比如一個反應體系內可見檢測多重熒光FAM、HEX、ROX 熒光,每種熒光探針標記1-3種病毒,從而可以實現一個孔中多種病毒的檢測。
熒光定量PCR檢測病毒時所需的樣本量少、更是可以在疾病早期檢測到病毒感染,特異性高,也得到了廣泛的應用和重視。翼和生物開發了多款qPCR檢測試劑盒,可進行多種病原體的聯檢或者鑒定。分兩種試劑盒,一種qPCR試劑盒是聯檢試劑盒,能判斷樣本是否感染國標規定的幾種病毒或者病原菌,并且出現陽性的話可鎖定在2-3種病原的范圍,但是確定具體哪種病原感染則需要搭配鑒定試劑盒進行具體病原的鑒定。但是一般SPF來源的鼠樣本都是比較干凈,檢測常為陰性,所以無需進行特定病原的鑒定。鑒定試劑盒中一個熒光通道只鑒定一種病原,所以可以通過熒光通道直接判斷感染的具體病原。
四、核酸提取回收率對實驗大小鼠病原微生物檢測的影響
熒光定量PCR檢測靈敏度高、特異性強,一般高于10 copies/μl的核酸病毒樣本可被檢測到。但是前提時核酸提取的流程正常。對于微量核酸的DNA、RNA提取流程如何保障樣本的核酸提取質量呢?可以從幾個角度進行:
1)購買來源正規的廠家核酸提取試劑盒產品。
2)提取過程中可以設置對照,比如標準菌株或者假病毒加入到樣本中,看看核酸提取過程是否可以正常完成樣本的提取,回收率是否正常。
3)提取過程中加入外源的其他物種的核酸,作為內參,質控提取過程。比如翼和生物的DNA/RNA提取試劑盒就含有外源基因組DNA作為內參,可以參與核酸的提取過程,質控提取過程,如果核酸提取過程正常,則PCR后所有樣本都應該有人為加入的外源核酸的信號,并且這個信號不影響目標病原體的檢測。
綜上所述,核酸提取作為PCR檢測的上游環節,其質量和回收效率直接影響PCR擴增的效率、特異性與靈敏度,是決定檢測結果準確性、可靠性的重要因素。因此在實際檢測中,需根據樣本特性區分,選擇合適的提取方法,以獲得高質量的核酸模板,才能充分發揮PCR技術的高靈敏度、高特異性優勢,為實驗動物病原微生物的檢測等領域提供可靠的檢測數據。
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