一旦實驗動物自身攜帶了一些病毒、細菌、真菌和寄生蟲，不僅可能導致實驗失敗以及實驗數據失真，還可能造成大量科研資源的浪費，延長了實驗周期，實驗動物質量影響著實驗的結果和數據的可信程度。因此，動物房需要定期對實驗動物進行病原微生物的檢測。

熒光定量PCR成為用于檢測病毒感染的常用的方法。熒光定量PCR檢測具有高靈敏度、高特異性、操作方便等特點。分子核酸檢測可以在疾病早期檢測到病毒感染，特異性高，也得到了廣泛的應用和重視。

不同的病原微生物在體內主要定植的部位不同，多種樣本類型都可以進行同種病原微生物的檢測。對于大多數病原微生物的檢測來說，糞便\盲腸內容物 和 氣管\口咽拭子是一個比較好的選擇，一是取樣方便，二是可以檢查多種病原微生物。

檢測項目 檢測樣本類型

沙門菌  回盲腸內容物、糞便、肛拭子

支原體  氣管、肺、鼻咽拭子

鼠棒狀桿菌  鼻咽/口咽拭子、病灶分泌物、膿汁

泰澤病原體  糞便、肝

嗜肺巴斯德桿菌  氣管、鼻咽/口咽拭子、病灶組織、膿汁、糞便

肺炎克雷伯桿菌  回盲腸內容物、病灶組織

綠膿桿菌  回盲腸內容物、糞便、病灶組織

念珠狀鏈桿菌  鼻咽/口咽拭子、病灶分泌物、膿汁

金黃色葡萄球菌  回盲腸內容物、病灶組織/分泌物

肺炎鏈球菌  鼻咽/口咽拭子、病灶組織/分泌物

乙型溶血性鏈球菌  呼吸道/病灶分泌物、膿汁

嚙齒檸檬酸桿菌  回盲腸內容物

肺孢子菌屬  氣管、肺、口咽拭子

牛棒狀桿菌  皮膚拭子、皮屑/痂皮、皮膚、糞便

小鼠肝炎病毒  盲腸內容物、糞便、肝

仙臺病毒  口咽拭子、鼻拭子、肺、氣管

小鼠肺炎病毒  口腔拭子、氣管、肺

呼腸孤病毒Ⅲ型  盲腸內容物、糞便、肝

小鼠細小病毒MVM株  盲腸內容物、糞便、腎、脾、肝

漢坦病毒  糞便、肺、腎、脾

鼠痘病毒  盲腸內容物、糞便、肝、脾

淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒  糞便、腦

小鼠腦脊髓炎病毒  盲腸內容物、糞便、肝、脾

多瘤病毒  盲腸內容物、糞便、腎、脾

小鼠諾如病毒  盲腸內容物、糞便

支氣管鮑特桿菌（敗血癥波氏桿菌）  鼻咽/口咽拭子、肺

大鼠細小病毒(KRV和H-1株)  盲腸內容物、糞便、腎、脾、肝

大鼠冠狀病毒/涎淚腺炎病毒  口腔拭子、唾液腺

熒光定量PCR成為用于檢測病毒感染的常用的方法。不同的熒光標記物也使得多重檢測成為可能，比如一個反應體系內可見檢測多重熒光FAM、HEX、ROX 熒光，每種熒光探針標記1-3種病毒，從而可以實現一個孔中多種病毒的檢測。 翼和生物開發了多款試劑盒。聯檢試劑盒中一個熒光通道可以同時檢測 2-3 種病原體，但是不進行具體病原的鑒定，也就是說一旦某個熒光通道有信號陽性，那么該熒光對應的這 2-3 種病原體都有可能是陽性。鑒定試劑盒中一個熒光通道只鑒定一種病原，所以可以通過熒光信號直接判斷感染的具體病原體。聯檢試劑盒可以與鑒定試劑盒搭配使用。