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目標區域甲基化重測序-WGBS后正確打開方式
發布時間： 2024-08-01 點擊次數： 990次表觀遺傳學(epigenetics)是目前分子生物學研究的熱點之一，DNA甲基化是表觀遺傳學的重要內容，是基因組DNA的主要表觀遺傳修飾形式之一。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育、衰老以及人類腫瘤發生，起著至關重要的作用。#
全基因組甲基化研究方法主要有全基因組甲基化芯片、全基因組甲基化重測序(WGBS)和簡化亞硫酸氫鹽測序技術（RRBS），這些方法其實都有個共同的特點：信息量大，得到差異甲基化區域（DMR）非常多，但是價格昂貴，對個別區域覆蓋度和測序深度不足，可能會導致遺漏或假陽性結果。因此，對這些方法篩選出來DMR，需要做進一步的驗證，在隊列樣本中對目標區域進行甲基化檢測，并分析目標區域與疾病/性狀的關聯，才能進一步為疾病與該DMR的關聯提供流行病學的證據。
Hi-MethylSeq簡介
目標區域甲基化重測序（Hi-MethylSeq），又叫重亞硫酸鹽擴增子測序（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS）。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上，或者依據文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯，選擇感興趣的目的區間或候選基因，利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。
Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用多重PCR擴增目的片段，添加barcode和測序通用接頭，在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序，利用生物信息學方法，精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態，在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。
優勢
Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術，可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析，特別適合隊列樣本目標區域的甲基化分析，測序深度高，結果更加準確。
應用
1、適用于感興趣的目的片段甲基化研究 ；
2、適用于在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點（DMR）。
方向
農口：表觀遺傳學研究、品種鑒定、品種改良
醫口：腫瘤早期診斷、表觀遺傳學生物標志物開發、腫瘤復發的獨立預測因子
全基因組甲基化測序分析獲得DMR后，需要在隊列樣本中進行驗證，翼和Hi-MethylSeq技術是WGBS后續驗證的有力工具。- 下一篇：核型分析的前世今生
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